La estación de Ancín fue inaugurada en 1927 como parte de la línea Vitoria-Estella, estando ubicada en el punto kilométrico 54,6.

La estación estuvo en funcionamiento hasta 1967, año en que la línea de ferrocarril fue cerrada al tráfico de viajeros y, en la actualidad, funciona como sede del ayuntamiento de la localidad.